База данных (RatDEGdb)

Ссылка на базу данных

https://www.sysbio.ru/RatDEGdb/

Интегрирована в ИПК «генные сети» база данных «RatDEGdb», предназначена для хранения информации о дифференциально экспрессирующихся генах (ДЭГ) крысы и человека и представляет собой коллекцию опубликованных данных по экспрессии генов у крыс разных линий, предназначенных для изучения различных заболеваний. БД содержит 25101 ДЭГ, представляющих 14320 уникальных генов крысы, которые изменяют уровень транскрипции в 21 ткани 10 генетических линий крысы в качестве моделей 11 заболеваний человека согласно 44 оригинальным научным статьям. База данных может быть использована в первую очередь специалистами по генетике человека, молекулярными биологами, клиницистами и генетическими консультантами, а также специалистами в области биофармацевтики, биоинформатики и персонализированной геномики.

База данных состоит из трех таблиц: RatDEG, Homologs и FeatersGenes, в которых содержится информация, полученная на основе анализа научных публикаций об экспериментах, проведенных на модельных организмах (крысах) и подтверждающих роль этих генов в различных заболеваниях. Приведены описания всех дифференциально экспрессирующихся генов различных линий крыс, на которых моделируются такие заболевания, как гипертония, психические расстройства, болезни, связанные со старением и пр. Каждый вход в таблицах представленной базы данных соответствует конкретной экспериментальной статье, поэтому в таблицах может быть несколько входов для описания одного гена. Кроме того, содержатся записи, то есть входы, со сведениями по генам человека, гомологичным генам крыс. Общая схема базы данных представлена на рисунке 1.

База данных RatDEG содержит информацию о номере гена крыс, его названии, линии крыс, ткани, где было проведено измерение уровня экспрессии гена, симптом, с которым ассоциирован данный ген и изменение уровня его экспрессии, а также метод для определения уровня экспрессии, сам результат и статистический критерий его достоверности, и ссылку на опубликованную работу в PubMed, из которой извлечены все эти данные.

Рисунок 1 - Структура базы данных дифференциально экспрессирующихся генов крыс как модельных объектов заболеваний человека «RatDEGdb»