База данных «MitomiRdb»


  • Коды программ и/или адрес веб-ресурса: https://MitomiRdb.org
  • Функционал программного модуля, конвейера, базы данных или её модуля (например, генной сети): база данных предназначена для хранения информации о микроРНК, обнаруженных в митохондриях, а также о связях этих микроРНК с генами-мишенями и болезнями (включая митохондриальные).

База данных MitomiRdb включает в себя информацию о 1312 митохондриальных микроРНК (так называемых митомиРах), которые были экспериментально обнаружены в митохондриях Homo sapiens, Mus musculus и Rattus norvegicus. База предоставляет пользователям веб-интерфейс для доступа к данным митомиРов и выполнения поиска. Главная страница содержит список митомиРов, в котором каждая запись отражает основную и дополнительную информацию о микроРНК.

Основная информация включает: уникальный идентификатор, название и нуклеотидная последовательность микроРНК (в соответствии с БД miRBase); организм обнаружения микроРНК и флаг «достоверности». Запись отмечена как «достоверная» (confidence), если митомиР связан с митохондриальными генами-мишенями/заболеваниями или был картирован в митохондриальном геноме. Блок дополнительной информации для митомиРа можно просмотреть, нажав на знак «плюс». В блоке отображается вторичная структура предшественников микроРНК (в соответствии с БД miRBase), краткая информация об экспериментах наблюдения микроРНК в митохондриях, идентификаторы научных публикаций PubMed с описанием экспериментов, список ассоциированных генов-мишеней (с «сильными» и «слабыми» подтверждениями взаимодействий микроРНК-мРНК) и список ассоциированных болезней. Для «достоверных» митомиРов приведен комментарий с информацией, уточняющей критерий достоверности: есть связь с митохондриальными генами-мишенями/заболеваниями и/или есть картирование в мтДНК.

Записи в базе можно сортировать по идентификатору, названию и нуклеотидной последовательности микроРНК. По этим же полям и по полю «Организм» можно осуществлять фильтрацию записей. В веб-интерфейсе реализована возможность быстрого перехода к подробному описанию упоминаемых сущностей (микроРНК/гены/болезни/публикации) в сторонних базах посредством гиперссылок. Названия и идентификаторы генов-мишеней/заболеваний представлены в том виде, в каком они аннотированы в базах данных miRTarBase (v.8) и RNADisease (v.4), соответственно.

Все представленные данные доступны для скачивания в формате SQLite-базы для дальнейшей компьютерной обработки.

pic1

Рисунок 1. Интерфейс главной страницы веб-интерфейса базы данных MitomiRdb: представлены элементы поиска, основной блок с информацией о записях митомиРов и пример отображения дополнительной информации для отдельной записи митомиРа hsa-miR-6779-3p.

Области возможного использования: база данных может быть использована в биомедицине и биотехнологии, а также в системной и клеточной биологии при исследовании взаимодействий митохондрий и их вклада в общую клеточную приспособленность и здоровье организма.

Ворожейкин П.С., Титов И.И. Компьютерный анализ показывает отличия митохондриальных микроРНК от остальных микроРНК. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2024;28(8):000-000. doi 10.18699/vjgb-24-91

Vorozheykin P.S., Titov I.I. Computer analysis shows differences between mitochondrial miRNAs and other miRNAs. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii=Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2024;28(8):000-000. doi 10.18699/vjgb-24-91