База знаний MiceDEGdb


Стандартный  набор информации   при описании информационно-программного модуля

  • Коды программ и/или адрес веб-ресурса: https://www.sysbio.ru/MiceDEGdb/
  • Функционал  программного модуля,  конвейера, базы данных  или её  модуля (например, генной сети):  какие  биологические задачи решает модуль  или  конвейер ,  какую информацию содержит база данных  и др

Интегрирована в ИПК «генные сети» база знаний «MiceDEGdb», предназначена для хранения информации о дифференциально экспрессирующихся генах (ДЭГ) мыши и человека и представляет собой коллекцию опубликованных данных по экспрессии генов у крыс разных линий, предназначенных для изучения различных заболеваний. БД содержит 21754 ДЭГ, представляющих 9769 уникальных генов мыши, которые изменяют уровень транскрипции в 8 ткани 5 генетических линий мыши в качестве моделей 8 заболеваний человека согласно 10 оригинальным научным статьям. База данных может быть использована в первую очередь специалистами по генетике человека, молекулярными биологами, клиницистами и генетическими консультантами, а также специалистами в области биофармацевтики, биоинформатики и персонализированной геномики • Блок–схема

pic1

Рисунок Д.10.1 – Структурная схема базы знаний MiceDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам мыши в качестве модельного объекта для биомедицинских исследований заболеваний человека как модуля информационно-программной платформм «Генные сети». Обозначения: (а) MiceDEGs, (б) HumanDisorder и (в) HumanMiceHomologs – реляционные таблицы базы знаний MiceDEGdb; Левая колонка этих таблиц содержит наименование полей, такие как ген мыши, линия мыши, ткань, заболевание, идентификатор PMID статьи - первоисточника экспериментальных данных, найденых в библиографической системе PubMed. Правая колонка– типы данных, такие как целое число (int), вещественное число (float), бинарный индикатор (enum) или строка символов (text). Стрелки –реляционная курируемая аннотация определенного ДЭГ мыши (а) с помощью оригинальной статьи (PMID) о со-направленном изменении экспрессии (точечная стрелка) гомологичного ДЭГ человека (непрерывная стрелка) у пациентов в сравнении с нормой (б).

Демонстрационный  пример,  который   может активироваться рецензентом отчета с  сайта ИЦП «Биоинформатика и системная компьютерная биология»

pic2

Рисунок Д.10.2 – Пример представления в базе знаний MiceDEGdb информации о пониженной экспрессии гена Clock мыши в костях у пожилых животных линии C57BL/6 в сравнении с молодыми животными этой же линии, которая была выявлена (Kaya et al., 2022: PMID=35094432) как ДЭГ мыши в качестве модели возрастной ломкости костей у человека согласно записям на зеленом фоне в нижней части Рисунка. На голубом фоне нижней части рисунка представлены примеры курируемой аннотации этого ДЭГ мыши с использованием клинических данных о пониженной экспрессии гомологичных генов человека: ортолога CLOCK и паралога BMAL1, - у пациентов с такими возрастными заболеваниями как нарушениями циркадного ритма, обструктивной болезнью лёгких, болезнью Паркинсона, воспалительным заболеванием кишечника, раком и клеточным старением. Эти ДЭГ мыши являются свободно доступными, URL=https://www.sysbio.ru/MiceDEGdb .

Другая информация, полезная с точки зрения разработчиков – в Вавилов Ж, №1 за 2025

Подколодная О, Чадаева И, Филонов С, Подколодный Н, Рассказов Д, Твердохлеб Н, Золотарева К, Богомолов А, Кондратюк Е, Ощепков Д, Пономаренко М. База знаний MiceDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам мыши как модельного объекта биомедицинских исследований. Вавиловский журнал селекции и генетики 2025;29(1):[в печати]