Ассоциативная генная сеть функционирования гена SCN9A человека в качестве интегратора генерации, чувства, ответа на боль и обезболивания (анестезии)

С использованием инструмента ANDSystem (Ivanisenko et al., 2015) реконструировали ассоциативную сеть функционирования гена SCN9A человека в качестве интегратора генерации, чувства, ответа на боль и обезболивания (анестезии), его белковых продуктов и других генов человека, взаимодействующих непосредственно с ними (Доценко и др., 2024), как это показано на Рисунке. Согласно этому рисунку краеугольным камнем этой генной сети был процесс фосфорилирования ионных каналов (PADJ < 10–13, уровень значимости с поправкой Бонферрони на множественные сравнения). Слева в центре на рисунке можно видеть единственный ген DPYSL2 человека, который ассоциирован как с самим геном SCN9A, так и с его белком, а также вовлечен в фосфорилирование. Кроме того, слева внизу сгруппированы четыре гена и кодируемые ими белки, которые взаимодействуют с белком SCN9A человека, а слева вверху – 11 генов человека и их продукты, взаимодействующие с геном SCN9A и вовлеченные в фосфорилирование. Наконец, остальные 25 генов и их белки взаимодействуют с белком SCN9A и тоже вовлечены в фосфорилирование (см. рисунок, справа). Всего на рисунке представлено 42 гена человека, 14 из которых соответствуют 568 генам, которые связаны с генерацией, чувством, ответом на боль и анестезией согласно базе данных NCBI Gene (Brown et al., 2015) в качестве общепринятого источника научной информации о функциях генов. Такое пересечение списков из 42 и 568 генов является достоверным в масштабе референсного генома человека, содержащем 19 424 аннотированных белок-кодирующих гена, согласно базе данных NCBI Gene (Brown et al., 2015), при фильтрах Ensembl, Current, Protein-coding genes, Genomic, Annotated genes (дата обращения 20.08.2024): p < 10–6 по критерию биномиального распределения. Это означает, что ANDSystem (Ivanisenko et al., 2015) по единственному гену SCN9A как интегратору генерации, чувства, ответа на боль и анестезии, статистически значимо реконструировал список генов человека, связанных с этими биологическими процессами согласно базе данных NCBI Gene (Brown et al., 2015).

Литература

Доценко П.А., Золотарева К.А., Иванов Р.А., Чадаева И.В., Подколодный Н.Л., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Лашин С.А., Пономаренко М.П. Кандидатные SNP-маркеры изменения экспрессии гена SCN9A человека в качестве интегратора генерации, чувства, ответа на боль и анестезии. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2024; 28(8):(в печати). doi 10.18699/vjgb-24-89

Ivanisenko VA, Saik OV, Ivanisenko NV, Tiys ES, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Kolchanov NA. ANDSystem: an associative network discovery system for automated literature mining in the field of biology. BMC Syst Biol. 2015; 9 (Suppl 2):S2. Doi: 10.1186/1752-0509-9-S2-S2

Brown GR, Hem V, Katz KS, Ovetsky M, Wallin C, Ermolaeva O, Tolstoy I, Tatusova T, Pruitt KD, Maglott DR, Murphy TD. Gene: a gene-centered information resource at NCBI. Nucleic Acids Res. 2015; 43(Database issue):D36-D42. Doi: 10.1093/nar/gku1055

Рисунок – Ассоциативная генная сеть функционирования гена SCN9A человека, его белкового продукта и их ближайших партнеров в организме человека, построенная c использованием инструмента ANDSystem (Ivanisenko et al., 2015) на основе автоматического анализа текстов свободно доступных научных статей и баз данных по запросу «[список генов] [Только их непосредственные связи] Genes Proteins Pathway» для [список генов] = «SCN9A».