База данных «Signal_pathways_db»

База Signal_pathways_db формируется с использованием литературных и других открытых информационных источников – созданных ранее в ИЦиГ СО РАН компьютерной системы ANDSystem, программного комплекса Orthoweb для анализа генных сетей и веб-сервиса SNP_TATA_Z-tester для оценки влияния одиночных нуклеотидных замен на сродство белка TBP к промоторам генов, а также Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), UniProt, PubMed. Создаваемая база интегрирована в ИПК «Генные сети».

Текущий релиз базы Signal_pathways_db содержит описание сигнальных путей Hedgehog, Wnt, TGFbeta человека и Decapentaplegic дрозофилы, включая: а) списки входящих в них генов (56 генов для Hh, 174 гена для Wnt, 108 генов для TGFbeta и 11 для Decapentaplegic) с их индексами в базах NCBI GENE Base и FlyBase; б) ссылки на литературные источники из PubMed Base; в) термины GO (Онтологии генов) - Molecular Function, Biological Process и Cellular Component; г) индексы, отражающие эволюционные возраста генов (PAI), и индексы скоростей накопления геномной изменчивости (DI); д) данные по аффинности белка TBP к промоторам генов, определяющей интенсивность транскрипции; е) данные об однонуклеотидных полиморфизмах (SNPs) в промоторах генов сигнальных путей в районе [-90,-1] от старта транскрипции, для которых клинически подтверждена их ассоциация с заболеваниями человека.

Область возможного использования

База знаний Signal_pathways_db по сигнальным путям и генным сетям морфогенеза многоклеточных не имеет аналогов. База знаний позволяет оценивать и сравнивать уровни экспрессии генов, анализировать закономерности эволюции генов, входящих в сигнальные пути, реконструировать ассоциативные связи между генами и патологическими состояниями (заболеваниями), выявлять потенциальные гены-мишени для разработки фарм-препаратов.