Программный модуль «PlantReg»
Ссылка на программный модуль
https://plamorph.sysbio.ru/fannotf/
Модуль предназначен для выстраивания связи от изменений в экспрессии генов до изменений в течении биологических процессов. Схема работы программного модуля «PlantReg» представлена на рисунке 1, и можно выделить два основных шага: (1) функциональная аннотацию входного списка генов с использованием R-пакета clusterProfiler, (2) поиск пересечения районов связывания ТФ из входного списка с промоторами генов из подсписков функционально аннотированных генов.
Для работы программного модуля нудно определить параметры запуска: длина промотора генов (500, 1000, 1500, 2000, 2500), порог значимости для обогащения терминов генной онтологии, вариант библиотеки пиков (GTRD MACS2, CisCross MACS2).
Описание входных данных
На вход конвейера подается два файла со списками AGI кодов (TAIR ID), один файл со списком генов, второй файл со списком ТФ, указанных каждый в отдельной строке.
Описание выходных данных
В качестве выходных данных пользователь получает файл в виде таблицы, который состоит из пяти блоков, с информацией об обогащенных терминах ГО, ассоциированных с ними ДЭГ, кодах обоснования аннотаций, ТФ, районы связывания которых в геноме картируются в 5’ регуляторные районы генов, ассоциированных с обогащенными терминами ГО.
Блок (1) характеризует гены и содержит подсписок входного списка, аннотированных обогащенными терминами ГО, со списками потенциальных транскрипционных регуляторов для каждого гена, их количеством и указанием для каждого ТФ принадлежности к определенному семейству. Для каждого гена также указывается общее количество и список обогащенных терминов ГО с указанием кода обоснования аннотации.
Центральным элементом блока (2) являются биологические процессы и для каждого обогащенного термина ГО определён подсписок ассоциированных с ним генов с указанием кодов обоснования аннотации, а также подсписок ТФ, потенциально регулирующих дифференциальную экспрессию этих ДЭГ, с указанием принадлежности к определенному семейству.
Блок выдачи (3) характеризует транскрипционные регуляторы и содержит список ТФ, для которых среди ДЭГ были найдены гены-мишени, ассоциированные с обогащенными терминами ГО.
Блок выдачи (4) содержит таблицу, где в каждой строчке указан один ген, один из потенциальных регуляторов этого гена, семейство ТФ и один из терминов ГО с кодом обоснования аннотации. Эта выдача наиболее подходит для дальнейшего анализа с использованием программных средств. Блок выдачи (5), вспомогательный, содержит результаты функциональной аннотации списка ДЭГ с помощью программы clusterProfiler с указанием значимости обогащения терминов ГО.