Компьютерная система Activity 2.0

Ссылка на приложение в Galaxy

https://galaxy.icgbio.ru/root?tool_id=activity

Модуль «Activity 2.0» предназначен для предсказания активности функциональных сайтов на основе их нуклеотидных последовательностей в геномах человека, животных, растений и микроорганизмов. Является приложением, которое по выборке парных элементов «строка символов; вещественное число», представляющей набор нуклеотидных последовательностей ДНК, каждая из которых охарактеризована количественной величиной ее экспериментально измеряемой биологической активности, и используемой в качестве «входных данных», выявляет в качестве «выходных данных» набор трехместных элементов следующего типа:

(1) целое число от 0 до 37 в качестве порядкового номера определенного физико-химическое свойства В-формы двойной спирали ДНК в списке из 38 таких свойств;

(2) пара целых чисел от 0 до численного значения минимальной длины введенных нуклеотидных последовательностей ДНК как порядковые номера стартовой и финальной позиций участка этих ДНК для усреднения вышеназванного физико-химическое свойства В-формы двойной спирали ДНК в качестве контекстно-зависимой количественной оценки in silico, вычисляемой по нуклеотидным последовательностям ДНК;

(3) вещественное число от –1 до +1, положительное значение которого в рамках Теории аддитивной полезности Сэвиджа для принятия решений тем больше, чем в большей степени соответствуют требованиям регрессионного анализа две вышеназванные количественные величины: первая – представлена «входными данными» как экспериментально измеряемая биологическая активность ДНК, вторая – вычисляемая in silico по нуклеотидным последовательностям ДНК – для принятия решения «выбрать вторую из этих величин для регрессионного прогноза неизвестных значений первой из них на основе известных последовательностей ДНК, используемых для вычисления количественных оценок in silico».

Описание входных данных

На вход модуля подается «плоский» текстовый файл FASTA-подобного формата, в котором одна за другой представлены исследуемые нуклеотидные последовательности ДНК, каждая из которых охарактеризована количественной величиной ее экспериментально измеряемой биологической активности.

Описание выходных данных

В качестве «выходных данных» модуль генерирует плоский текстовый файл, каждая строка которого содержит описание одной выявленной среднеарифметической оценки физико-химического свойства В-формы двойной спирали ДНК согласно указанному выше.