База данных «Plant_SNP_TATAdb»


Стандартный  набор информации   при описании информационно-программного модуля

Интегрирована в ИПК «генные сети» база данных «Plant_SNP_TATAdb» (Rasskazov et al., 2022), которая предназначена для накопления, хранения и систематизации информации о вариантах однонуклеотидного полиморфизма (SNP), способных статистически значимо изменять сродство ТАТА-связывающего белка (ТВР) арабидопсиса к промоторам генов растениq и экспрессию этих генов согласно многократно экспериментально доказанной позитивной линейной корреляции между изменениями сродства «ТВР-промотор» и экспрессии гена, регулируемого этим промотором (Mogno et al., 2010). БД содержит 656 мутаций, природных или искусственно индуцированных в проксимальных промоторных районах длиной 90 п.о. перед стартами транскрипции 21 уникального гена растений. Эти мутации сопровождались 142 вариантами изменения фенотипа семи видов растений и/или паразитирующих на них ДНК-содержащий вирусов при которые были согласно 27 оригинальным научным статьям, которые цитируются с использованием их идентификаторов PMID с базе данных PubMed (Lu, 2011) . База данных может быть использована в первую очередь специалистами по генетике растений и молекулярными биологами, а также специалистами по фитофармакологии, биоинформатике и селекции растений.

  • Блок–схема

Таблица Д.04. Структурная схема элементарной записи базы данных Plant_SNP_TATAdb (Rasskazov et al., 2022) по вариантах однонуклеотидного полиморфизма (SNP), способных статистически значимо изменять сродство ТАТА-связывающего белка (ТВР) арабидопсиса к промоторам генов растениq и экспрессию этих генов согласно многократно экспериментально доказанной позитивной линейной корреляции между ними (Mogno et al., 2010). Дистрибутив Plant_SNP_TATAdb - плоский текстовый Excell-совместимый файл, который свободно доступен по команде «Download DB».

Поле Содержание Тип
Record ID Идентификатор записи int
PlantSNP_TATA ID Идентификатор SNP в ТАТА-боксах растений int
PlantGeneName Имя гена растений text
SequenceSourrce Источник последовательности ДНК text
5’-flang 5’-фланкирующий фрагмент ДНК text
Norm_SNP анцестральный (референсный) аллель text
PlantGeneName Имя гена растений text
3’-flang 3’-фланкирующий фрагмент ДНК text
ExperimentType Тип эксперимента (in vivo, ex vivo, in vitro) enum
Norm_Kd-value Равновесная константа диссоциации Kd в номе float
Norm_Kd-SEM Стандартная ошибка оценки Kd в норме float
Mut_Kd-value Равновесная константа диссоциации Kd при мутации float
Z-score Z-статистика Фишера float
p-value Уровень статистической значимости float
ExpressionChange Изменение экспрессии: избыток или дефицит Enum
PhenotypeChange Фенотипическое проявление изменения экспрессии гена text
PMID Идентификатор базы данных PubMed для статьи с описанием изменения фенотипа text

Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression. Int J Mol Sci. 2022, V. 23, N. 15. P. 8684. doi: 10.3390/ijms23158684 Mogno I., Vallania F., Mitra R.D., Cohen B.A. TATA is a modular component of synthetic promoters. Genome Res. 2010; 20(10): 1391-1397. DOI: 10.1101/gr.106732.110 Lu Z. PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature. Database (Oxford). 2011;2011:baq036. doi: 10.1093/database/baq036