База знаний Human_SNP_TATAdb


Ссылка на базу данных

https://www.sysbio.ru/Human_SNP_TATAdb

База данных «Human-SNP-TATAdb» служит для выявления молекулярных маркёров заболеваний на основе оценки влияния нуклеотидных замен на сродство ТВР к промоторам генов человека. Интегрирована в ИПК «Генные сети» разработанная база знаний «Human_SNP_TATAdb», которая является статичным MySQL-продуктом, который свободно доступен по URL (https://www.sysbio.ru/Human_SNP_TATAdb/) в дружественном к пользователю «user friendly on-line» режиме диалога «вопрос-ответ» в реальном времени. Эта база знаний содержит количественную и текстовую информацию, которая описывает 602547 кандидатных однонуклеотидных (SNP) маркеров достоверного изменения сродства ТАТА-связывающего белка (ТВР) человека ко всем проксимальным районам длиной 90 п.о. перед стартами транскрипции (TSS) промоторов 17079 белок-кодирующих генов человека в рамках информационного содержания текущих выпусков баз данных Ensembl и dbSNP для сборки GRCh38/hg38 референсного генома человека. Дополнительно в базе знаний Human_SNP_TATAdb можно найти 2404390 аннотаций выборочных SNP-маркеров в виде литературных сведелеств о клиническом проявлении изменений экспрессии генов человека при минорных аллелях этих SNP в сравнении с нормой, согласно оценкам in silico, полученным с помощью Web-сервиса Human_SNP_TATA_Z-tester, и 1178 оригинальным статьям, которые были найдены вручную в текущем выпуске базы данных PubMed.

Обновление 2024г.

Новшеством 2024 года в Human_SNP_TATAdb [06-0001] было введение новой опции «Features» для фильтрации записей в базе данных по заданному пользователем заболеванию человека, которая отсутствовала в пилотной версии, созданной ранее в рамках бюджетного проекта FWNR-2022-0020, в 2023 г. Рисунок Б.06.4 иллюстрирует использование этой опции на примере первичной открытоугольной глаукомы (POAG). На этом рисунке представлены кандидатные SNP–маркеры POAG в промоторах генов PON1 и PON2 человека согласно нашей статье [06-0024]. Эти гены кодируют соответственно параоксоназы 1 и 2, первая из которых является основным антиатеросклеротическим компонентом липопротеидов высокой плотности. Поэтому, повышенная экспрессия PON1 замедляет атерогенез в качестве фактора риска для повышенного внутриглазного давления и, таким путем, облегчает POAG [06-0011], как это указано на Рисунке Б.06.2 с помощью идентификатора PMID=27803873 для этой статьи в базе данных PubMed [06-0012]. Эти SNP-маркеры является свободно доступными, URL: https://www.sysbio.ru/Human_SNP_TATAdb/.

pic1

Рисунок Б.07.4 – Примеры выявленных SNP- маркеров ы нейродегенеративного заболевания POAG, которые были выявлены в настоящей работе и которые свободно доступны в ранее базе знаний Human_SNP_TATAdb [06-0001], созданной нами ранее в рамках настоящего бюджетного проекта FWNR-2022-0020.

Список литературы

  • [06-0001] Filonov S.V., Podkolodnyy N.L., Podkolodnaya O.A., Tverdokhleb N.N., Ponomarenko P.M., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Ponomarenko M.P. Human_SNP_TATAdb: a database of SNPs that statistically significantly change the affinity of the TATA-binding protein to human gene promoters: genome-wide analysis and use cases. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii = Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2023;27(7):728-736. doi: 10.18699/VJGB-23-85

  • [06-0011] Mumcu UY, Kocer I, Ates O, Alp HH. Decreased paraoxonase1 activity and increased malondialdehyde and oxidative DNA damage levels in primary open angle glaucoma. Int J Ophthalmol. 2016; 9(10):1518-1520. doi: 10.18240/ijo.2016.10.24

  • [06-0012] Lu Z. PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature. Database (Oxford). 201;2011:baq036. doi: 10.1093/database/baq036

  • [06-2024] Zolotareva K, Dotsenko P, Podkolodnyy N, Ivanov R, Makarova A-L, Chadaeva I, Bogomolov A, Demenkov P, Ivanisenko V, Oshchepkov D, Ponomarenko P. Candidate SNP markers significantly altering the affinity of the TATA-binding protein for the promoters of human genes associated with primary open-angle glaucoma. Int J Mol Sci. 2024; 25(23), 12802; doi:10.3390/ijms252312802