База данных «AtSNP_TATAdb»

Ссылка на базу данных

https://www.sysbio.ru/AtSNP_TATAdb/

База знаний AtSNP_TATAdb включает информацию о всех белок кодирующих генах и транскриптах Arabidopsis thaliana, однонуклеотидных полиморфизмах (SNP) расположенных в районе [-90,-1] от старта транскрипции, последовательности ДНК для предковых и минорных аллелей каждого промотора генов Arabidopsis thaliana, оценки аффинности ТАТА-связывающего белка (TBP) к последовательностям ДНК для предковых и минорных аллелей каждого промотора, полученные с помощью веб-сервиса Plant_SNP_TATA_Z-tester, который мы разработали ранее, а также результаты ручной аннотации научных публикаций о ряде генов Arabidopsis thaliana, обладающих этими SNP в промоторах, или об их ортологах в других видах растений, которые демонстрируют влияние изменений в экспрессии этих генов на жизненно важные признаки растений. Всего было идентифицировано 54 993 кандидата SNP-маркеров, имеющих статистически значимые изменения в сродстве TBP к промоторам, а именно 27 425 и 27 568 SNP, минорные аллели которых значимо подавляют и повышают экспрессию 18 636 генов Arabidopsis, соответственно. Списки гомологичных генов Arabidopsis thaliana были взяты из раздела паралогов базы данных TAIR. Совместный анализ этих данных позволяет выявлять возможные молекулярные маркеры селекционно-значимых признаков.

Область возможного использования

Разработанная база данных может быть использованы для углубленного изучения механизмов регуляции транскрипции генов, поиска молекулярных маркеров для селекции культурных растений, инженерии промоторов и регуляторных элементов. Селекционные компании и научно-исследовательские институты, работающие в области растениеводства, могут внедрить эти методы и представленную практическую разработку в свои программы для ускорения и повышения эффективности селекции.