Модуль PDBSiteScan - поиск функциональных сайтов в пространственных структурах белков

Ссылка на сервис: https://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/pdbsitescan/

Описание PDBSiteScan

PDBSiteScan позволяет распознавать потенциальные функциональные сайты в третичных структурах белков и позволяет аннотировать белки с функциональной информацией.

PDBSiteScan обеспечивает структурное выравнивание с известными функциональными сайтами, хранящимися в PDBSite.

Как работает PDBSiteScan:

PDBSiteScan обеспечивает автоматический поиск трехмерных (3D) фрагментов белков, аналогичных по структуре известным функциональным сайтам. Коллекция известных сайтов, обозначенная как PDBSite, была создана путем автоматической обработки базы данных PDB с использованием данных о локализации сайтов в поле SITE. Кроме того, сайты взаимодействия белок-белок были получены путем анализа контактных остатков в гетерокомплексах.

Алгоритм основан на перебоpe всех возможных комбинаций позиций белка для сравнения с сайтом. PDBSiteScan выполняет следующие шаги:
    Сравнение аминокислотных последовательностей фрагмента белка и сайта.
    Если они идентичны, сравнивается их 3D-структура.
    Если максимальное расстояние несоответствия (MDM) наложенных структур меньше заданного пользователем значения, фрагмент добавляется в список результатов.

Основные шаги использования PDBSiteScan:

Выберите структуру для сканирования, загрузив файл PDB и указав цепь.
Укажите пороговое значение MDM.
Выберите типы функциональных сайтов для сканирования.
Запустите сканирование и просмотрите результаты, включая структурное выравнивание.

Выходные данные содержат информацию о наложении структур, включая значения MDM и RMSD, а также ссылки на соответствующие записи в базе данных PDBSite для каждого идентифицированного потенциального функционального сайта.